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Neu sequenziertes Genom verbessert den Schutz des gefährdeten Gepards |
 Referenzgenome liefern wichtige Informationen, insbesondere für den Schutz bedrohter Arten. Einem unter der Leitung der Veterinärmedizinischen Universität Wien stehenden internationalen Forschungsteam gelang es nun ein noch hochwertigeres Genom für den Geparden zu sequenzieren. Die neu gewonnenen Daten stellen einen Meilenstein dar und werden das Wissen und das Verständnis über den Geparden deutlich verbessern.
Der Gepard ist teilweise vom Aussterben bedroht. Um richtige
Entscheidungen für seine Erhaltung zu treffen, werden genomische
Analysen immer wichtiger. Vor diesem Hintergrund wurden kürzlich
Genomanalysen des Gepards basierend auf sogenannten Short-Read-Sequenzen
veröffentlicht. Tiefergehende Genomanalysen – wie Untersuchungen der
Mutationslast und der genetischen Gesundheit – erfordern jedoch
hochkontinuierliche Referenzgenome. Diese helfen beispielsweise, die
evolutionäre Anpassungsfähigkeit und den Inzuchtstatus zu bewerten, und
spielen eine entscheidende Rolle bei der Entwicklung von
Managementmaßnahmen im Naturschutz.
Referenzgenom erlaubt Beantwortung wichtiger biologischer FragenDa
ein solches Referenzgenom für den Gepard derzeit nicht verfügbar ist,
haben die Forscher:innen nun ein Genom auf Chromosomenebene sequenziert
und zusammengesetzt. „Das neue Referenzgenom VMU_Ajub_asm_v1.0 zeigt
eine starke Verbesserung gegenüber den bisher zur Verfügung stehenden
Genomen für den Geparden. Es ist das Erste, dass auf Sequenzen von
langen DNA Molekülen, so genannten "long reads" basiert, wodurch es uns
möglich war auch schwierige Bereiche des Genoms, besonders repetitive
Regionen, zuzuordnen und bisher bestehende Lücken zu füllen. Die
verbessere Kontinuität des Genoms wird eine Vielzahl von Genomanalysen
ermöglichen, die bisher so nicht möglich waren“, erklärt
Studien-Erstautor Sven Winter vom Forschungsinstitut für Wildtierkunde
und Ökologie (FIWI) der Vetmeduni.
Laut den Forscher:innen bietet die
neue Genomressource eine solide Grundlage, um wichtige biologische
Fragen wie das Verständnis des Prozesses der natürlichen Selektion und
Anpassung zu beantworten. Dazu Studien-Letztautorin Pamela Burger vom
Forschungsinstitut für Wildtierkunde und Ökologie der Vetmeduni:
„Hochkontinuierlich annotierte Genomanordnungen im Chromosomenmaßstab
sind wertvolle Referenzen für evolutionäre oder konservierende
Genomanalysen und ermöglichen eingehende Studien zur strukturellen
Variation oder zur Diversität und Funktion bestimmter Gene wie z. B.
Immunantwortgene. Genomassemblierungen von Nicht-Modellorganismen dieser
Qualität sind derzeit jedoch noch selten.“
Schnellstes Landtier der Welt und vom Aussterben bedrohtDer
Gepard (Acinonyx jubatus) ist eine große Raubkatze und gilt mit
Spitzengeschwindigkeiten von bis zu 105 km/h als das schnellste
Landtier. Historisch bewohnte er offenes Grasland in ganz Afrika, auf
der Arabischen Halbinsel und im Südwesten Asiens. Derzeit bewohnt er nur
kleine Bruchteile seines früheren Verbreitungsgebiets, was zu kleinen
und fragmentierten Populationen führt. Der Gepard als Art wird derzeit
auf der Roten Liste bedrohter Arten der International Union for
Conservation of Nature (IUCN) als „gefährdet“ angesehen, wobei zwei
Unterarten A. j. venaticus (Iran) und A. j. hecki (Nordwestafrika) als
„vom Aussterben bedroht“ eingestuft gelten.
Den Artikel finden Sie unter:
https://www.vetmeduni.ac.at/universitaet/infoservice/presseinformationen/presseinformationen-2023/neu-sequenziertes-genom-verbessert-den-schutz-des-gefaehrdeten-gepards#c154750
Quelle: Veterinärmedizinische Universität Wien (05/2023)
Publikation:
Der
Artikel „A chromosome-scale high-contiguity genome assembly of the
cheetah (Acinonyx jubatus)“ von Sven Winter, René Meißner, Carola Greve,
Alexander Ben Hamadou, Petr Horin, Stefan Prost und Pamela A. Burger
wurde im „Journal of Heredity“ veröffentlicht.
https://academic.oup.com/jhered/advance-article/doi/10.1093/jhered/esad015/7069302
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