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Antikörper-Bauplan aus dem Rechner
ImageAntikörper verteidigen unseren Körper gegen Eindringlinge. Die Moleküle bestehen aus Proteinen mit angehängten Zuckern, wobei bisher teilweise unklar war, nach welchem Bauplan letztere angehängt werden. Für die Zeitschrift ‚Nature Communications‘ haben Wissenschaftlerinnen und Wissenschaftler am Helmholtz Zentrum München diesen Bauplan nun im Rechner ergänzt und anschließend im Labor bestätigt.

Konkret untersuchten die Autoren IgG-Antikörper.* Sie sind die häufigsten Antikörper im Blut und wirken vor allem gegen Viren und Bakterien. „Sie haben die typische Form eines Y und bestehen zu einem Großteil aus Protein“, erklärt Elisa Benedetti, Doktorandin am Institute of Computational Biology (ICB) des Helmholtz Zentrums München. „Allerdings hängt die Zelle bei der Fertigung noch verschiedene Zucker an, und wie das vor sich geht, ist bisher kaum verstanden“, so die Erstautorin der Arbeit weiter.

Dabei ist dieser Prozess durchaus interessant: Je nachdem, welche Zucker angehängt werden (im Fachjargon wird dies Glykosylierung genannt), kann der Antikörper sehr unterschiedliche Funktionen ausüben. Während der eine Zucker für eine heftige Entzündungsreaktion beim Kontakt mit dem Antigen sorgt, unterbindet hingegen ein anderer die Immunreaktion.

Biochemische Aufgabe im Rechner gelöst

„Die Schwierigkeit bei der Ermittlung der Baupläne liegt unter anderem darin, dass hier mehrere Enzyme beteiligt sind, deren Zusammenwirken sehr komplex ist“, erklärt Letztautor Dr. Jan Krumsiek, Nachwuchsgruppenleiter am ICB und Junior Fellow der TU München. Um diese biochemisch schwer lösbare Aufgabe anzugehen, holten sich die Bioinformatiker das Problem in die digitale Welt.

Dazu zogen sie Daten der kroatischen ‚10001 Dalmatiner Biobank‘ heran. Darin untersuchten sie zunächst die Blutproben von knapp 700 Probandinnen und Probanden im Alter zwischen 18 und 88 Jahren hinsichtlich der Zucker an den IgG-Antikörpern. Anhand der bisher bekannten Glykosylierungsschritte ermittelten sie, inwiefern die digital erfassbaren Ähnlichkeiten den fortlaufenden enzymatischen Prozess abbilden können. In der Tat rekonstruierte der Algorithmus anhand der Daten den bisher bekannten Bauplan - und entwickelte ihn weiter.

„Wir konnten also neue Schritte vorhersagen, wie die Zuckerreste an den Antikörper gehängt werden müssten“, erklärt Krumsiek. „Anhand drei weiterer Kohorten mit insgesamt über 2.500 Proben konnten wir dieses Modell in der Theorie untermauern.“ Anschließend bestätigten die Forscher die vorhergesagten Schritte durch verschiedene Methoden: zum einen anhand einer genomweiten Assoziationsstudie mit rund 1.900 Proben der Augsburger KORA-Studie**, zum anderen im Rahmen von drei Versuchsreihen im Labor (in vitro).

„Wir konnten zeigen, dass mindestens eine der vorhergesagten Reaktionen im Reagenzglas ablaufen kann. Zudem haben wir in Zellkultur bewiesen, dass bestimmte Enzyme, deren Zusammenwirken unser Modell vorhergesagt hatte, tatsächlich in der Zelle kolokalisiert, also räumlich eng beieinander angesiedelt, sind“, so Krumsiek. „Unsere Studie zeigt, wie sich Informationstechnologien und klassische Nasschemie unterstützen und bereichern können.“


Den Artikel finden Sie unter.

https://www.helmholtz-muenchen.de/aktuelles/uebersicht/pressemitteilungnews/article/43070/index.html

Quelle: Helmholtz Zentrum München - Deutsches Forschungszentrum für Gesundheit und Umwelt (11/2017)


Publikation:
Benedetti, E. et al. (2017): Network inference from glycoproteomics data reveals new reactions in the IgG glycosylation pathway. Nature Communications, DOI: 10.1038/s41467-017-01525-0

 
 
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