MetaboliteDetector - Analyse und Dekonvolution für GC/MS Daten (Freie Software) |
Untitled Document
In der Routineanalytik werden in der Regel die Softwarepakete der Hersteller zur Analyse der GC/MS Daten angewendet, die inzwischen gute Features zur Peakidentifizierung, zum Chromatogramm-Alignement sowie zur Quantifizierung bieten. Kleinere Labore oder öffentliche Einrichtungen haben oft nicht die Möglichkeit die benötigten Zusatzfunktionen bzw. passende Referenzspektren-Bibliotheken zusätzlich zu kaufen. Diese Lücke schließen zahlreiche Tools und Softwareprogramme aus der akademischen Welt wie beispielsweise der MetaboliteDetector von der TU Braunschweig (http://md.tu-bs.de/). |
|
|
|
Die bekannteste der frei verfügbaren Softwareanwendungen ist seit langem AMDIS (Automated Mass Spectral Deconvolution and Identification System) mit der kommerziellen NIST-Spektrenbibliothek (http://chemdata.nist.gov/dokuwiki/doku.php?id=chemdata:amdis). Auch MetaboliteDetector kann die NIST-Spektrenbibliothek verwenden. Zusätzlich unterstützt MetaboliteDetector Spektrenbibliotheken die den Retentionszeitabgleich über den Retentionsindex anbieten, wie die frei verfügbare Golm Metabolome Database (GMD: pflanzliche, bakterielle und humane Metabolite). Der große Vorteil von MD ist das schnelle und effiziente Alignement von mehreren hundert Chromatogrammen (900 GC-TOF-MS-Chromatogramme; http://www.plosone.org/article/info%3Adoi%2F10.1371%2Fjournal.pone.0086799). Die Datenprozessierung über die Softwareoberfläche ist einfach gestaltet und intuitiv. Zusätzliche Features sind das Statistikprogramm sowie die Option zur Kalkulation von isotopisch angereicherten Metaboliten (stable isotope labelling experiments).
Insbesondere bei der Datenauswertung von komplexen Proben ist die Dekonvolution von coeluierenden Komponenten bzw. die Extraktion von Analyten aus der Matrix ein entscheidender Faktor für die schnelle und automatisierte Analyse. Auch hier kann MD im Vergleich zu kommerziellen Anbietern punkten.
(Ein ausführliches Tutorial, weitere Open Source Software sowie die Originalpublikation finden Sie hier: http://md.tu-bs.de/). |
|
|
|
Quelle: analytik.de (05/2014)
|
|